O ano é 21XX. Reploids são comuns agora, depois que o Dr. Cain redescobriu o antigo laboratório do Dr. Light e baseou vários projetos do original do Dr. Light, chamado "Mega Man X". X, enquanto isso, se juntou aos Maverick Hunters, e trabalha com o líder da unidade Zero sob o comando do Comandante Sigma. É seu trabalho acabar com os reploides que se tornaram violentos.